1)с точки зрения закона имеет ли право инспектор ГАИ остановить автомобиль военной организации (черные номера военная часть) и выписать протокол?

2) инспектор ВАИ имеет отношение к гражданским автомобилям?

Водій зобов'язаний:
мати при собі та на вимогу працівників міліції, а водії
військових транспортних засобів - на вимогу посадових осіб
військової інспекції безпеки дорожнього руху Військової служби
правопорядку у Збройних Силах України, пред'являти для перевірки
посвідчення водія, реєстраційний документ на транспортний засіб, а
у випадках, передбачених законодавством, - страховий поліс
(сертифікат) про укладення договору обов'язкового страхування
цивільно-правової відповідальності власників наземних транспортних
засобів, ліцензійну картку на автомобільний транспортний засіб у
разі надання послуг з перевезення пасажирів і небезпечних
вантажів;
виконувати розпорядження працівників міліції, а водії
військових транспортних засобів - посадових осіб військової
інспекції безпеки дорожнього руху Військової служби правопорядку у
Збройних Силах України, що даються в межах їх компетенції,
передбаченої чинним законодавством, Правилами дорожнього руху та
іншими нормативними актами;

3) если инспектор ВАИ остановил военное авто (служебный автомобиль с черными номерами)которым управяет гражданский водитель по путевому листу (если это законно) проеховшему на красный свет то как должно развиватся данное событие? протокол? служебное расследование?

Стаття 235-1. Військова інспекція безпеки дорожнього руху
Військової служби правопорядку у Збройних
Силах України

Військова інспекція безпеки дорожнього руху Військової служби
правопорядку у Збройних Силах України розглядає справи про вчинені
водіями військових транспортних засобів - військовослужбовцями,
військовозобов'язаними та резервістами під час проходження зборів,
а також працівниками Збройних Сил України під час виконання ними
службових обов'язків правопорушення, передбачені частинами першою,
четвертою і п'ятою статті 121, статтею 121-1, частинами першою,
другою і третьою статті 122, частиною першою статті 123, статтями
124-1 - 126, статтею 132-1 цього Кодексу.

Від імені військової інспекції безпеки дорожнього руху
Військової служби правопорядку у Збройних Силах України розглядати
справи про адміністративні правопорушення мають право посадові
особи військової інспекції безпеки дорожнього руху Військової
служби правопорядку у Збройних Силах України.

Посадова особа військової інспекції безпеки дорожнього руху
Військової служби правопорядку у Збройних Силах України,
розглянувши справу про зазначені у частині першій цієї статті
правопорушення, може накласти на винних адміністративне стягнення
у вигляді попередження або передати матеріали про ці
правопорушення відповідним командирам (начальникам) для вирішення
питання про притягнення винних до відповідальності згідно з
Дисциплінарним статутом Збройних Сил України ( 551-14 ).

Протоколи про вчинені водіями військових транспортних
засобів - військовослужбовцями, військовозобов'язаними та
резервістами під час проходження зборів, а також працівниками
Збройних Сил України під час виконання ними службових обов'язків
порушення правил дорожнього руху, за які може бути накладено
адміністративне стягнення у вигляді позбавлення права керування
транспортним засобом, передаються військовим інспектором безпеки
дорожнього руху Військової служби правопорядку у Збройних Силах
України до суду.

Матеріали про вчинені військовослужбовцями,
військовозобов'язаними та резервістами під час проходження зборів,
а також працівниками Збройних Сил України під час виконання ними
службових обов'язків правопорушення, передбачені статтями 80, 126,
128, 128-1, частинами першою і другою статті 129 і статтею 140
цього Кодексу, передаються військовою інспекцією безпеки
дорожнього руху Військової служби правопорядку у Збройних Силах
України відповідним командирам (начальникам) для вирішення питання
про притягнення винних до дисциплінарної відповідальності.