Vata, в п. 21-1 сказано, что он имеет право меня "зупинити" для "для перевірки документів на право користування і керування транспортним засобом, документів на транспортний засіб". Т.е. "зупинка" будет возможно и законна, а вот проверка документов четко регулируется пунктом 2 (перевіряти у громадян при підозрі у вчиненні правопорушень документи).

Я в этом случае вижу нарушение именно пункта 2, т.к. если и было "відпрацювання" и гаец имел право остановить, то проверить документы должен был при наличии "пидозры". А если есть "пидозра у вчиненни правопорушення", то согласно пункта 21-1 он обязан "повідомити водія про причину зупинення транспортного засобу, суть вчиненого правопорушення"

Гаишиник не сообщил водителю в каком правонарушении он подозревается, а значит не имел никаких законных оснований требовать предъявить ему какие-либо документы.

не возьмусь трактовать данную статью, но по моему личному мнению данный пункт дает право любому милиционеру в рамках спецоперации останавливать любую машину и проверять документы.

Останавливать - да.
А про то что работник милиции имеет право проверять документы во время проведения "спецопераций" не написано нигде. Следовательно не имеет.